Naturpark Amager er et godt tilholdssted for mange forskellige fuglearter, som enten har slået sig ned eller er på langvarig eller kortere visit. Set gennem et år er fuglereservatet blandt de steder i Danmark, som har besøg af flest forskellige fuglearter.
Klydesø
Dele af fuglereservatet et lukket for mennesker, så naturen kan udvikle sig på egen hånd. Det største lukkede fuglereservat er Klydesø, som ligger i bunden af Kalvebod Fælled.
Langs Dæmningsvejen er der placeret tre fugletårne, hvorfra du kan se ind over reservatet. Desuden finder du et fugleskjul i Klydesøs nordlige end, ved Sydmøllevej.
Herfra kan man iagtige havørnen jage eller sidde på sin faste sten, opleve vadefugle, gæs, ænder og en lang række andre både almindelige og sjældne fugle.
Kofoeds Enge og Sydamager
Det lukkede fuglereservat ved Amagers sydspids Aflandshage kan opleves fra fugletårnene ved Kongelunden og tårnet ved Søvang.
Kystområdet er af international betydning for blandt andet troldand og betydningsfuldt for knopsvane, pibesvane, stor skallesluger og lille skallesluger.
I ynglesæsonen fra april til juli, er området ved Kofoeds Enge, syd for Kongelundsfortet, desuden lukket for publikum.
